Анализ данных секвенирования – важный этап генетического исследования, именно на нем оценивается качество полученных данных и происходит поиск возможных причин генетического заболевания, именно на этом этапе формируется отчет. От того, как клинический биоинформатик оценивает патогенность найденных мутаций, зависит то, какие мутации попадут в отчет, и насколько информирован будет врач при их дальнейшей интерпретации. Лаборатории мирового уровня, понимая ключевую роль клинической биоинформатики, используют экспертную оценку в анализе данных. Экспертная оценка позволяет повысить выявляемость, избежать ложно-положительных и ложно-отрицательных результатов, получить отчет, понятный врачу-клиницисту и содержащий обоснования для классификации выявленных изменений. Хорошо выполненный анализ данных зачастую позволяет врачу избежать назначения необоснованных дополнительных анализов либо выявить мутации, роль которых была недооценена при рутинном (иногда даже автоматическом) анализе в лаборатории.

Наша команда выполнила более 12000 исследований данных секвенирования, нами были разработаны не только подходы к оценке патогенности мутаций, но и методы, позволяющие выявить делеции и дупликации на основе данных NGS. Накопленный опыт позволяет качественно выполнять интерпретацию в каждом отдельном случае.

Мы принимаем первичные данные секвенирования в формате FASTQ, в некоторых случаях BAM или CRAM. Файлы с такими данными обычно довольно объемны, от сотен мегабайт до нескольких гигабайт, и их невозможно переслать по электронной почте. Лучше загружать файлы в облачное хранилище, такое как Яндекс.Диск или Облако@mail.ru, и передавать нам ссылку на них; чаще всего лаборатории именно таким способом и выдают данные. Обратите внимание: файлы в формате VCF не подойдут.

В данных секвенирования любого образца можно увидеть многие тысячи генетических вариантов (изменений ДНК, или мутаций), по которым он отличается от референсного генома: это нормально, и подавляющая часть таких отличий не имеет никакой клинической значимости. Оценка патогенности того или иного варианта основана на комплексном подходе: анализе биоинформатических критериев, популяционной частоты варианта; поиске варианта в различных базах данных и статьях; соотнесении заболеваний, которые могут быть вызваны мутацией в соответствующем гене, с клинической картиной пациента. В случае, когда мутация неоднократно описана в научных публикациях, проблем с определением ее статуса патогенности/непатогенности, как правило, не возникает. Однако если мутация не описана, одним из важных критериев в пользу ее вероятной патогенности (и включения ее в отчет) является соответствие клинических проявлений, известных при мутациях в данном гене, наблюдаемым у человека симптомам.

Это зависит от того, что содержат данные. Если речь идет о секвенировании небольшой панели, то новая информация все равно не позволит найти причину заболевания в генах, которые изначально не входили в панель. Другое дело, если выполнено полноэкзомное или полногеномное секвенирование: для таких данных имеет смысл повторять анализ приблизительно раз в год или два, в расчете на поиск патогенных изменений в тех «новых» генах, которые были описаны учеными за этот период.

Кроме того, повторный анализ любых данных имеет смысл проводить при появлении принципиально новой клинической информации о симптомах пациентов.

Предсказать индивидуальный риск развития многофакторного заболевания для конкретного человека в настоящий момент не может никто. Несмотря на обилие проведенных исследований полногеномных ассоциаций (GWAS), эффект каждого из выявленных патогенных или протективных полиморфизмов оказался слишком мал, чтобы в одиночку или даже всем вместе предсказать риск развития заболевания. В настоящее время традиционные факторы (семейный анамнез, образ жизни, уровень тех или иных показателей анализа крови и др.) являются наилучшими клиническими инструментами в выработке стратегии здорового образа жизни вашим врачом лично для вас. Ни одно врачебное сообщество не включило в свои рекомендации использование генетического тестирования в прогнозировании развития многофакторных заболеваний, ввиду отсутствия доказательной базы пользы таких исследований. Соответственно, такая информация не несет никакой клинической или практической пользы; мы же привыкли делать ту работу, которая по-настоящему нужна людям. В связи с этим можем лишь напомнить, что для сохранения здоровья ВОЗ рекомендует 150 минут аэробной нагрузки в неделю и употреблять достаточное количество овощей.

Мы не раз убеждались, что полная автоматизация процесса невозможна — машинное обучение пока не способно справиться со «штучной» и крайне разнородной информацией о более чем 6000 существующих наследственных заболеваниях. Мы пользуемся современными алгоритмами для эффективной работы, однако считаем, что только специалист способен действительно глубоко разобраться в вопросе; особенно это касается непосредственного анализа научных статей. За все этапы анализа отвечает опытный биоинформатик; особо сложные случаи обсуждаются с коллегами и с врачами. Большой объем работы не превращает нас в роботов: мы всегда помним, что за обезличенными данными нуклеотидной последовательности стоит реальный человек.

Мы можем по выбору заказчика выдать результат либо на русском, либо на английском языке. Кроме того, в качестве отдельной услуги мы переводим русскоязычные отчеты по нашим исследованиям на английский язык. Перевод результатов генетических исследований – особый вариант медицинского перевода, требующий знания номенклатуры мутаций и специальной терминологии; даже небольшая неточность в таком переводе может привести к неверной интерпретации. В нашей лаборатории за выполнение перевода отвечает клинический биоинформатик, свободно говорящий на языке.