Уважаемые заказчики! Из-за очень большой загруженности нам пришлось временно увеличить сроки исполнения новых заказов. Пишите нам на info@clinbio.ru: мы проведем предварительную проверку данных и запишем исследование в лист ожидания. Делаем все возможное, чтобы это преодолеть.
Лаборатория
Клинической
Биоинформатики
Анализ данных экспертного уровня
О лаборатории
Лаборатория клинической биоинформатики — независимая группа экспертов по интерпретации генетической информации: системных биологов, биоинформатиков, врачей. Мы специализируемся на тщательном, глубоком анализе данных секвенирования экзомов, геномов и генных панелей. У каждого из нас за плечами опыт успешной работы в российских диагностических лабораториях по анализу сотен и тысяч клинических случаев; наши результаты помогли врачам поставить точный диагноз множеству пациентов с наследственными заболеваниями: миопатиями, несовершенным остеогенезом, эпилептической энцефалопатией, болезнями органов зрения, слуха и других систем, в том числе сложно дифференцируемыми синдромами.
Основатель лаборатории — Федор Коновалов, признанный лидер в области клинической биоинформатики, разработчик методов анализа геномных данных и эффективных алгоритмов поиска причин наследственных заболеваний; идеолог и соавтор Рекомендаций по интерпретации данных, полученных методами MPS (NGS); автор множества публикаций и десятков докладов на российских и зарубежных медицинских конференциях и школах, посвященных проблемам диагностики моногенной патологии.
Наша задача — помогать врачам в диагностике пациентов с наследственными заболеваниями, обеспечивая экспертный уровень интерпретации для лучших медико-генетических центров. Индивидуальному клиенту мы рады предложить анализ первичных данных секвенирования, полученных в любой лаборатории: научное исследование, проводимое как для поиска информации о возможных патогенных изменениях в геноме и анализа сведений об их связи с моногенными заболеваниями, так и для независимого аудита качества прочтения ДНК.
Основатель лаборатории — Федор Коновалов, признанный лидер в области клинической биоинформатики, разработчик методов анализа геномных данных и эффективных алгоритмов поиска причин наследственных заболеваний; идеолог и соавтор Рекомендаций по интерпретации данных, полученных методами MPS (NGS); автор множества публикаций и десятков докладов на российских и зарубежных медицинских конференциях и школах, посвященных проблемам диагностики моногенной патологии.
Наша задача — помогать врачам в диагностике пациентов с наследственными заболеваниями, обеспечивая экспертный уровень интерпретации для лучших медико-генетических центров. Индивидуальному клиенту мы рады предложить анализ первичных данных секвенирования, полученных в любой лаборатории: научное исследование, проводимое как для поиска информации о возможных патогенных изменениях в геноме и анализа сведений об их связи с моногенными заболеваниями, так и для независимого аудита качества прочтения ДНК.
10000
выполненных исследований экзомов и панелей
35
публикаций в рецензируемых журналах
7
разработанных алгоритмов анализа данных NGS
3
новых гена-кандидата на роль причины заболеваний
Исходные данные
Процесс анализа
Мы принимаем в анализ необработанные данные секвенирования ДНК в виде файлов FASTQ или BAM.
1
Данные секвенирования
До оплаты исследования мы проверяем, подходят ли формат, объем и качество данных для приемлемого уровня анализа.
2
Данные секвенирования
На сервере специальные алгоритмы выявляют изменения ДНК в исследуемых участках по сравнению с референсом.
3
Данные секвенирования
Выявленные изменения ДНК интерпретирует клинический биоинформатик с применением баз данных и публикаций.
4
Входной контроль
Обработка данных
Интерпретация
Наши услуги
Уважаемые заказчики! Из-за очень большой загруженности мы вынуждены временно отложить прием новых заказов. При необходимости пишите нам на info@clinbio.ru: мы постараемся провести предварительную проверку данных и записать исследование в лист ожидания. Делаем все возможное, чтобы это преодолеть.
Биоинформатический анализ полногеномных данных
Поиск возможных причин моногенных заболеваний в данных секвенирования генома — самое масштабное из генетических исследований. Включает анализ генов митохондриальной ДНК в случае их достаточного покрытия. Для проведения этого исследования необходимы первичные данные секвенирования в формате FASTQ, а также обезличенная клиническая информация.
Анализ полногеномных данных
15000 ₽
Анализ полногеномных данных срочный
20000 ₽
Анализ полногеномных данных (трио)
31500 ₽
Биоинформатический анализ данных экзома / панели
Экспертный анализ данных секвенирования полного экзома, клинического экзома или генной панели с целью поиска возможных причин моногенных заболеваний. Включает анализ качества данных. Для исследования необходимы данные в формате FASTQ, а также обезличенная клиническая информация.
Анализ данных экзома / панели
10000 ₽
Анализ данных экзома / панели срочный
14500 ₽
Анализ данных экзома (трио)
22500 ₽
Наши преимущества
Кратчайшие срокиМы понимаем, насколько важна оперативность в клинической биоинформатике — ведь от результатов анализа может зависеть многое. Не жертвуя качеством и не поступаясь никакими принципами, мы гарантируем: если данные взяты в работу, результат будет готов в течение 7–10 календарных дней. По договоренности есть возможность выполнить исследование с предельной срочностью.
Аудит качества данныхМы независимы от лабораторий, проводящих секвенирование, а значит — объективно и непредвзято оцениваем качество исследуемых данных. Отчет о качестве прочтения ДНК прилагается к результату. Если нам сразу видно, что предоставленные данные слишком плохи и стоит повторить секвенирование, мы сообщим об этом заранее, не возьмем образец в анализ и оплату за него.
Не только алгоритмыКлиническая биоинформатика — особая сфера: здесь личный опыт анализа образцов имеет не меньшее значение, чем эффективная работа алгоритмов. Пожалуй, опыт нашей команды по работе с клинико-генетическими данными не имеет аналогов в России, а все программные решения мы внедряем только на его основе.
Поможем разобратьсяПишите нам: будем рады ответить на любые вопросы о нашей работе, помочь разобраться в результатах, посоветоваться о дальнейших исследованиях, честно рассказать о возможностях и ограничениях методов. NGS — непростая область, и мы знаем, как важно говорить об этом на понятном языке.
Вопросы
- Вопрос:Зачем нужен анализ данных секвенирования? Разве его не проводят в лабораториях?Ответ:Анализ данных секвенирования – важный этап генетического исследования, именно на нем оценивается качество полученных данных и происходит поиск возможных причин генетического заболевания, именно на этом этапе формируется отчет. От того, как клинический биоинформатик оценивает патогенность найденных мутаций, зависит то, какие мутации попадут в отчет, и насколько информирован будет врач при их дальнейшей интерпретации. Лаборатории мирового уровня, понимая ключевую роль клинической биоинформатики, используют экспертную оценку в анализе данных. Экспертная оценка позволяет повысить выявляемость, избежать ложно-положительных и ложно-отрицательных результатов, получить отчет, понятный врачу-клиницисту и содержащий обоснования для классификации выявленных изменений. Хорошо выполненный анализ данных зачастую позволяет врачу избежать назначения необоснованных дополнительных анализов либо выявить мутации, роль которых была недооценена при рутинном (иногда даже автоматическом) анализе в лаборатории.
Наша команда выполнила более 8000 исследований данных секвенирования, нами были разработаны не только подходы к оценке патогенности мутаций, но и методы, позволяющие выявить делеции и дупликации на основе данных NGS. Накопленный опыт позволяет быстро и качественно выполнять интерпретацию в каждом отдельном случае. - Вопрос:Как передать вам данные и в каком формате?Ответ:Мы принимаем первичные данные секвенирования в формате FASTQ, в крайнем случае BAM. Файлы с такими данными обычно довольно объемны, от сотен мегабайт до нескольких гигабайт, и их невозможно переслать по электронной почте. Лучше загружать файлы в облачное хранилище, такое как Яндекс.Диск или Облако@mail.ru, и передавать нам ссылку на них; чаще всего лаборатории именно таким способом и выдают данные. Обратите внимание: файлы в формате VCF не подойдут.
Для анализа также обычно требуется обезличенная клиническая информация: пол, приблизительный возраст участника исследования, возраст манифестации заболевания, описание жалоб, наличие или отсутствие врожденных аномалий развития, дизморфий, задержки развития, любых внешних особенностей. Клиническая информация может быть занесена в текстовое поле при заполнении формы заказа на данном сайте, либо передана в виде обезличенных заключений из медицинских учреждений. - Вопрос:Зачем вам клиническая информация? Наверное, хотите подогнать данные? Мы хотим получить независимый, объективный результат, используйте референсные значения!Ответ:Оценка патогенности того или иного варианта (изменения ДНК) основана на комплексном подходе: анализе биоинформатических критериев, популяционной частоты варианта; поиске варианта в различных базах данных и статьях; соотнесении заболеваний, которые могут быть вызваны мутацией в соответствующем гене, с клинической картиной пациента. В случае, когда мутация неоднократно описана в научных публикациях, проблем с определением ее статуса патогенности/непатогенности, как правило, не возникает. Однако если мутация не описана, одним из важных критериев в пользу ее вероятной патогенности (и включения ее в отчет) является соответствие клинических проявлений, известных при мутациях в данном гене, наблюдаемым у человека симптомам.
Кстати, «подогнать» результат исследования невозможно в принципе: наличие любой мутации, приведенной в отчете, может быть перепроверено в независимой лаборатории. По существующим рекомендациям, сообщаемые варианты должны быть подтверждены референсным методом (секвенирование по Сэнгеру) до принятия каких-либо клинических решений врачом-генетиком. - Вопрос:Имеет ли смысл повторять выполненный у Вас анализ данных секвенирования через какое-то время, с учетом развития научных знаний о генетике?Ответ:Это зависит от того, что содержат данные. Если речь идет о секвенировании небольшой панели, то новая информация все равно не позволит найти причину заболевания в генах, которые изначально не входили в панель. Другое дело, если выполнено полноэкзомное или полногеномное секвенирование: для таких данных имеет смысл повторять анализ приблизительно раз в год или два, в расчете на поиск патогенных изменений в тех «новых» генах, которые были описаны учеными за этот период.
Кроме того, повторный анализ любых данных имеет смысл проводить при появлении принципиально новой клинической информации о симптомах пациентов. - Вопрос:В современном мире по результатам генетического тестирования могут предсказывать риск развития многофакторных заболеваний (диабет, гипертония, болезнь Альцгеймера и др.), подсказать с выбором вида спорта, типом диеты? Почему вы такого не делаете?Ответ:Предсказать индивидуальный риск развития многофакторного заболевания для конкретного человека в настоящий момент не может никто. Несмотря на обилие проведенных исследований полногеномных ассоциаций (GWAS), эффект каждого из выявленных патогенных или протективных полиморфизмов оказался слишком мал, чтобы в одиночку или даже всем вместе предсказать риск развития заболевания. В настоящее время традиционные факторы (семейный анамнез, образ жизни, уровень тех или иных показателей анализа крови и др.) являются наилучшими клиническими инструментами в выработке стратегии здорового образа жизни вашим врачом лично для вас. Ни одно врачебное сообщество не включило в свои рекомендации использование генетического тестирования в прогнозировании развития многофакторных заболеваний, ввиду отсутствия доказательной базы пользы таких исследований. Соответственно, такая информация не несет никакой клинической или практической пользы; мы же привыкли делать ту работу, которая по-настоящему нужна людям. В связи с этим можем лишь напомнить, что для сохранения здоровья ВОЗ рекомендует 150 минут аэробной нагрузки в неделю и употреблять достаточное количество овощей.
- Вопрос:Почему анализ стоит так дорого? Ведь он наверняка делается полностью автоматически — с помощью машинного обучения, готовых баз данных, разве не так?Ответ:Мы не раз убеждались, что полная автоматизация процесса невозможна — машинное обучение пока не способно справиться со «штучной» и крайне разнородной информацией о более чем 6000 существующих наследственных заболеваниях. Мы пользуемся современными алгоритмами для эффективной работы, однако считаем, что только специалист способен действительно глубоко разобраться в вопросе; особенно это касается непосредственного анализа научных статей. За все этапы анализа отвечает опытный биоинформатик; особо сложные случаи обсуждаются с коллегами и с врачами. Большой объем работы не превращает нас в роботов: мы всегда помним, что за обезличенными данными нуклеотидной последовательности стоит реальный человек.
- Вопрос:В рамках научного проекта мы выиграли грант на секвенирование большой когорты пациентов с моногенной патологией и хотели бы получить качественный биоинформатический анализ с учетом особенностей выборки. Вы готовы взяться за такую работу?Ответ:Да, пишите и звоните нам. В такой ситуации мы подробно обсудим с вами конкретные задачи вашего исследования, договоримся об условиях и сроках. По отдельному запросу предоставим сводные таблицы данных, необходимую вам статистику, поможем визуализировать и осмыслить результат. Мы также готовы оказать консультативную помощь на этапе планирования исследования.
- Вопрос:Вы можете выдать результаты исследования на английском языке?Ответ:Мы можем по выбору заказчика выдать результат либо на русском, либо на английском языке. Кроме того, в качестве отдельной услуги мы переводим русскоязычные отчеты по нашим исследованиям на английский язык. Перевод результатов генетических исследований – особый вариант медицинского перевода, требующий знания номенклатуры мутаций и специальной терминологии; даже небольшая неточность в таком переводе может привести к неверной интерпретации. В нашей лаборатории за выполнение перевода отвечает клинический биоинформатик, являющийся носителем языка.
Особенности и примеры
За пределами панелей генов
Наиболее доступным видом исследования на основе NGS являются генные панели — наборы из десятков или сотен генов, подобранные для различных групп заболеваний. Из-за особенностей лабораторной пробоподготовки в исходных данных секвенирования панелей часто есть информация об изменениях и в других генах, вплоть до полного экзома, однако их анализ обычно не проводится.
Один из наших принципов с момента основания лаборатории — не ограничивать анализ списками генов и панелями. Мы интерпретируем изменения во всех клинически значимых генах, прочтения которых имеются в предоставленных данных. Иногда эта особенность становится решающей.
Пациентке с признаками поясноконечностной мышечной дистрофии (ПКМД) в зарубежной лаборатории было выполнено секвенирование панели из 80 генов, мутации в которых отвечают за миодистрофии и врожденные миопатии; причина заболевания установлена не была. При анализе данных в ЛКБ удалось выявить две вероятно патогенные мутации в гене GAA, ассоциированном с болезнью Помпе: ген был секвенирован, но не входил в список панели по формальной причине (заболевание относится не к миодистрофиям, а к болезням обмена веществ), хотя симптомы ПКМД вполне соответствуют проявлениям этой формы гликогеноза. Важно отметить, что для болезни Помпе существует заместительная терапия, что дает таким пациентам шанс на успешное лечение.
Один из наших принципов с момента основания лаборатории — не ограничивать анализ списками генов и панелями. Мы интерпретируем изменения во всех клинически значимых генах, прочтения которых имеются в предоставленных данных. Иногда эта особенность становится решающей.
Пациентке с признаками поясноконечностной мышечной дистрофии (ПКМД) в зарубежной лаборатории было выполнено секвенирование панели из 80 генов, мутации в которых отвечают за миодистрофии и врожденные миопатии; причина заболевания установлена не была. При анализе данных в ЛКБ удалось выявить две вероятно патогенные мутации в гене GAA, ассоциированном с болезнью Помпе: ген был секвенирован, но не входил в список панели по формальной причине (заболевание относится не к миодистрофиям, а к болезням обмена веществ), хотя симптомы ПКМД вполне соответствуют проявлениям этой формы гликогеноза. Важно отметить, что для болезни Помпе существует заместительная терапия, что дает таким пациентам шанс на успешное лечение.
Масштабный поиск мутаций для пациента со сложной клинической картиной
На анализ поступили данные экзомного секвенирования тяжелобольного ребенка с клиническими признаками синдрома Пены-Шокейра или COFS (OMIM: PS214150), тяжелой задержкой развития, судорогами, а также МР-картиной полимикрогирии, гидроцефалии и других структурных изменений головного мозга. В подобных случаях число генов, где необходимо вести поиск причины заболевания, может быть очень велико — соответствующие признаки описаны при десятках или даже сотнях наследственных заболеваний, в том числе крайне редких. Это значит, что стандартный биоинформатический анализ, ограниченный небольшим списком подобранных вручную генов, вряд ли даст результат. Таким образом, истинная причина заболевания может не попасть в оригинальное заключение лаборатории, проводившей секвенирование.
При анализе в ЛКБ был проведен глубокий поиск патогенных изменений среди всех генов (порядка 4000), ответственных за наследственные болезни. Причина была найдена: ей оказалась ранее не описанная мутация в гене TUBA1A, приводящая к замене аминокислоты. Наша находка и ее статус de novo были успешно подтверждены недорогим целевым ДНК-тестом в независимой лаборатории, а врач смог поставить пациенту точный диагноз.
При анализе в ЛКБ был проведен глубокий поиск патогенных изменений среди всех генов (порядка 4000), ответственных за наследственные болезни. Причина была найдена: ей оказалась ранее не описанная мутация в гене TUBA1A, приводящая к замене аминокислоты. Наша находка и ее статус de novo были успешно подтверждены недорогим целевым ДНК-тестом в независимой лаборатории, а врач смог поставить пациенту точный диагноз.
Поиск делеций и дупликаций (анализ CNV)
Хромосомные нарушения и вариации числа копий ДНК (CNV) — делеции, дупликации и другие перестройки генома — являются достаточно частой причиной генетических заболеваний. Разработанный в ЛКБ специальный алгоритм позволяет нам одновременно с поиском точковых мутаций также определять структурные нарушения, затрагивающие как фрагмент отдельного гена, так и целую хромосому: классические микроделеции (синдромы Вольфа-Хиршхорна, Ангельмана, Миллера-Дикера и другие), делеции и дупликации экзонов гена DMD при миодистрофии Дюшенна, а также нарушения структуры или числа копий множества других важных генов, приводящие к соответствующим наследственным заболеваниям.
По нашим данным, приблизительно у каждого 10-й пациента с установленной благодаря секвенированию вероятной причиной заболевания был заподозрен именно этот тип изменений ДНК; при использовании лишь стандартного биоинформатического анализа это было бы невозможно. Сообщенные CNV успешно подтверждаются референсными методами (ХМА, MLPA, ПЦР).
Мы честно предупреждаем: несмотря на высокую эффективность алгоритма, никакое исследование на основе секвенирования (экзом, генные панели) не может быть заменой хромосомному микроматричному анализу, специально рассчитанному именно на детекцию CNV.
По нашим данным, приблизительно у каждого 10-й пациента с установленной благодаря секвенированию вероятной причиной заболевания был заподозрен именно этот тип изменений ДНК; при использовании лишь стандартного биоинформатического анализа это было бы невозможно. Сообщенные CNV успешно подтверждаются референсными методами (ХМА, MLPA, ПЦР).
Мы честно предупреждаем: несмотря на высокую эффективность алгоритма, никакое исследование на основе секвенирования (экзом, генные панели) не может быть заменой хромосомному микроматричному анализу, специально рассчитанному именно на детекцию CNV.
Объективная оценка качества данных
К сожалению, иногда мы сталкиваемся с недостаточным качеством или объемом предоставляемых данных секвенирования. Об этом обычно не подозревает заказчик, в распоряжении которого есть лишь ранее выданное лабораторное заключение. Даже размер файлов с данными не всегда отражает их действительный полезный объем и возможность выявить изменения в геноме.
Проблема связана со слишком широкой трактовкой термина «экзом», снижением себестоимости секвенирования за счет его качества и игнорированием требований, изложенных в российских и зарубежных рекомендациях; одним из них является как минимум 70-кратное среднее покрытие исследуемой области при секвенировании экзома или генных панелей. Помимо недостаточного покрытия, существуют и другие способы «испортить» экзом: подмена типа прибора или реагентов, нарушения протоколов пробоподготовки, проблемы при выделении ДНК.
Мы не сотрудничаем с лабораториями, систематически нарушающими требования к качеству секвенирования, однако в индивидуальном порядке берем в анализ любые данные и приводим полную информацию об их особенностях в Отчете о качестве. Если объем данных слишком мал и не позволяет выявлять изменения в существенной доле участков ДНК, мы не проводим анализ, не берем оплату за него и рекомендуем повторное секвенирование.
Проблема связана со слишком широкой трактовкой термина «экзом», снижением себестоимости секвенирования за счет его качества и игнорированием требований, изложенных в российских и зарубежных рекомендациях; одним из них является как минимум 70-кратное среднее покрытие исследуемой области при секвенировании экзома или генных панелей. Помимо недостаточного покрытия, существуют и другие способы «испортить» экзом: подмена типа прибора или реагентов, нарушения протоколов пробоподготовки, проблемы при выделении ДНК.
Мы не сотрудничаем с лабораториями, систематически нарушающими требования к качеству секвенирования, однако в индивидуальном порядке берем в анализ любые данные и приводим полную информацию об их особенностях в Отчете о качестве. Если объем данных слишком мал и не позволяет выявлять изменения в существенной доле участков ДНК, мы не проводим анализ, не берем оплату за него и рекомендуем повторное секвенирование.
Отзывы о нашей работе
- Наталия БеловаГенетик, эндокринолог, педиатр, д.м.н., ведущий специалист Центра врожденной патологии GMS ClinicС работой команды Федора Коновалова я знакома несколько лет. Большинство направляемых мною на генетическую диагностику детей страдают заболеваниями соединительной ткани; в нашей практике при несовершенном остеогенезе секвенирование ДНК с анализом этих данных группой Федора позволяет четко установить причину заболевания у 96% пациентов. Такой уровень выявляемости не только соответствует уровню зарубежных лабораторий, но и в ряде случаев превосходит его. Для семей с несовершенным остеогенезом точная генетическая диагностика очень важна, так как заболевание может наследоваться по-разному, а знание причины заболевания позволяет планировать беременность и быть уверенными в рождении здорового ребенка.
С одной стороны – секрет прост. Детальный осмотр пациента, качественное секвенирование, многоступенчатый биоинформатический анализ данных. С другой стороны, я понимаю, какой отдачи требует такая работа. Команда ЛКБ раз за разом доказывает, что стремление к максимальной четкости, скорости анализа и соблюдение интересов наших пациентов и их семей являются их главными приоритетами. - Артем ШарковНевролог-эпилептолог, нейрогенетикСегодняшний мир медицины в каждой своей области неразрывно связан с генетикой. Каждый слышал про секвенирование нового поколения (NGS), но не каждый представляет, сколько труда скрыто за этими маленькими буквами. Сложный и многоэтапный процесс подготовки к секвенированию – очень важная деталь на пути к качественному исследованию. Но сердце правильной диагностики скрыто в работе биоинформатиков, людей, обрабатывающих «сырые» технические данные и проливающих свет на вероятную патогенность каждого отсеквенированного нуклеотида в структуре генома.
Биоинформатическая команда Федора Коновалова отличается скрупулезностью и профессионализмом. Четкое понимание всего процесса, несгибаемые принципы в оценке данных, а также глубокая научная проработка каждого заключения не только позволяют использовать полученные результаты с уверенностью и доверием, но и облегчают мою работу как клинициста.
© Коновалов Ф.А., 2018–2022
ИП Коновалов Ф.А, ИНН 773471897052
Россия, г. Москва
ИП Коновалов Ф.А, ИНН 773471897052
Россия, г. Москва
Связь
- info@clinbio.ru
- +7 499 653-80-65
- Пн–Пт c 10 до 20 MSK
- Конфиденциальность
- Публичная оферта
Связаться с нами
Нажимая на кнопку «Отправить», вы подтверждаете свое согласие на обработку персональных данных в соответствии с применяемой Политикой.
Задать вопрос
Нажимая на кнопку «Отправить», вы подтверждаете свое согласие на обработку персональных данных в соответствии с применяемой Политикой.
Заказать биоинформатический анализ
Нажимая на кнопку «Отправить», вы принимаете условия Публичной оферты и подтверждаете свое согласие на обработку персональных данных в соответствии с применяемой Политикой.
Заказать биоинформатический анализ
Нажимая на кнопку «Отправить», вы принимаете условия Публичной оферты и подтверждаете свое согласие на обработку персональных данных в соответствии с применяемой Политикой.
Заказать анализ качества данных
Нажимая на кнопку «Отправить», вы принимаете условия Публичной оферты и подтверждаете свое согласие на обработку персональных данных в соответствии с применяемой Политикой.